1993년 이후 학원의 변천과정을 살펴보면, 학부모들에게 사교육비 부담을 가중시키고 이로 인한 재정적·심리적 고통과 계층간의 위화감 조성 등 교육적 차원을 넘어 사회안정과 통합을 저해하는 사회적 불만의 요인이 되고 있던 학원의 불법·탈법 운영 및 과열 과외에 대해서 문민정부는 1993년 5월 중순부터 법질서 확립차원에서 『범죄소탕 180일 작전』의 하나로 경찰에서 일제 단속을 실시하였다. 그런데 이는 또 다른 사회적 문제와 각종 민원을 초래했다. 경찰의 사법적 차원의 학원단속은 사회적으로 문제화되고 있는 학원과 현직교사, 학원강사, 일반인의 고액·불법과외에 대해 사회 정화차원에서 계획적이고 체계적으로 이루어져야 했으나 경찰의 학원단속은 무계획적이고 강압적으로 이루어졌기 때문이다.
이로 인하여 부산시내 외국어, 주산, 속셈, 웅변 등 소규모 학원들은 경찰의 단속에 일제히 반발하여 동맹휴업에 들어가는 한편, 경찰의 강압적인 단속의 즉각 중지 및 구속 학원장 석방, 비현실적인 학원의 교습과정 규제 철폐를 주장하면서 부산광역시교육청 및 부산역 광장 등에서 장기 항의 농성에 들어갔으며, 학원의 장기 동맹휴업으로 인하여 선의의 피해자인 학생·학부모의 항의 및 각종 민원도 제기되었다. 이러한 강압적인 학원단속이 사회문제화되자 경찰이 학원단속의 방향을 현직 교사 및 학원 강사에 의한 고액·불법과외 행위에 대해서만 중점 단속토록 지시하는 등의 긴급대책을 수립·시행함으로써 집단 항의농성 및 동맹휴업은 철회되었다.
그러나 경찰의 단속으로 유발된 학원문제는 학원의설립·운영에관한법률 개정을 위한 전국적인 운동으로 확산되는 계기가 되었다. 이에 교육부는 1993년 6월 5일 그 동안 과외교습 금지 대상이었던 유치원·초등학교 학생들에게도 학원이나 교습소에서 예·체능과목뿐만 아니라 국어·수학·영어 등 일반 과목도 배울 수 있도록 하는 과외 교습 전면 허용과 시설 기준 완화 등을 주요내용으로 하는 학원의설립·운영에관한법률 개정을 입법 예고하였다. 교육부의 이러한 조치는 법과 현실사이의 불일치로 인한 학원의 불법·탈법의 만연과 과외 교습의 욕구를 지도·감독으로만 해결하기에는 한계가 있어서 자율과 경쟁 사회에 부합토록 규제위주의 내용을 크게 완화하는 조치였다.
교육부에서는 그 동안 수렴된 여론을 바탕으로 여러가지 사안을 검토하여 1993년 6월 입법예고하였던 유치원·초등학생 일반과목 과외 교습 허용 방침을 백지화하고 불합리한 각종규정의 해제 또는 완화와 학원설립시 인가·등록으로 이원화되어 있던 것을 등록으로 일원화하며, 학원의 시설 규모를 지역별, 교습과정별로 지역의 실정에 맞게 시·도의 조례로 정하되 과도하게 규정하지 않도록 하는 내용을 주요 골자로 하는 학원의설립·운영에관한법률(1995. 8. 4)과 동법률시행령(1996. 2. 9)을 개정·시행하였다.
이에 따라 부산광역시교육청에서는 학원의설립·운영에관한법률 및 동법시행령이 전문 개정됨에 따라 현조례의 불합리한 규정을 해제 또는 완화하여(설립자 및 위치 변경 제한 규정, 학원과 교육환경 유해업소와의 인접한 장소의 범위, 부제교습 횟수 등) 학원 설립·운영의 자율성을 신장하기 위해 규제와 통제 위주에서 자율과 경쟁 체제를 유도하고 학원의 사회 교육기관으로서의 기능을 제고시키고자 학원의 시설 규모를 현실에 맞게 하향 조정하였다.
그리고 그 동안 불법 변태로 학원을 운영해 오던 소규모학원들이 학원 운영의 정상화를 도모코자 교습과정에 단과학원의 신설 등을 주요 내용으로 하는 부산광역시학원의설립·운영에관한조례 개정(1997. 2. 24)과 부산광역시학원의설립·운영에관한규칙을 제정(1997. 4. 3)·시행하였다.
따라서 그 동안 불법·변태 운영 및 등록외 교습과정을 운영해 온 소규모학원(주산, 속셈, 어학 등)은 중·고등학교 일반과목을 교습할 수 있는 단과학원의 교습과정으로 전환하도록 유도하고 이와 아울러 지도·단속도 강화하였으며, 교육청의 단속에도 불구하고 시정하지 않고 계속적으로 불법·탈법 운영하는 학원들을 대상으로 교육청·검찰 합동 지도·단속을 실시(1997. 12. 1~1998. 2.28)하여 237개 학원에 대해 약식 기소, 벌금형을 선고하였다.
한편 1997년 12월부터 시작된 우리 경제에 대한 IMF관리 체제는 사설 학원에 대해서도 큰 변화를 요구하였다. 경기 침체 및 불황 기업의 구조조정으로 인한 대량 실업은 가계 소득의 감소와 이로 인해 학원 수강생이 감소하였으며, 그 동안 학부모의 과열 교육열에 힘입어 특수를 누려 왔던 각종 사설 학원들이 극심한 경영난에 시달리면서 학원간의 통·폐합 및 시설 규모 축소 등 생존을 위한 자구 노력에 안간힘을 쏟았고, 자진 폐업 등으로 사설학원수도 급격히 감소하였다.
우리 경제에 대한 IMF관리 체제는 우리 사회의 많은 변화를 요구하였으며 그 중에서 규제의 완화는 대표적이라 할 수 있다. 정부에서는 법령에 근거없는 모든 규제에 대해 1999. 3. 1부터 효력을 상실하도록 하는 행정규제기본법을 제정·시행하였다.
이에 따라 규제개혁위원회는 법령 미근거 규제의 정비를 1998년말까지 모두 정비를 완료하도록 하고 1999년까지 시·도조례 및 규칙을 개정하도록 시달하였으며, 이와 아울러 제도적 뒷받침을 위해서 학원의설립·운영에관한법률을 개정(1999.1.18공포)하게 되었다. 그 주요내용으로는 ①법 위반행위에 대한 형벌과 과태료를 강화함으로써 학원 등의 운영에 대한 책임성을 높이고 ②행정규제기본법에 의한 규제정비계획에 따라 재학생에 대한 과외교습기간의 제한 규정을 삭제하며 ③일정규모이상의 학원에는 반드시 두도록 규정하고 있는 사회교육전문요원의 의무배치제도를 폐지하고 ④과외교습소의 교습과목에 대한 규제를 완화한 것이다.
또한, 동법률시행령을 개정(1999. 5. 10)하여 ①학원과 유해업소간의 거리제한을 완화하고 ②학습자의 다양한 요구를 충족시킬 수 있도록 하기 위하여 학원이 등록·운영할 수 있는 교습과정을 확대하여 1학원에서 2이상의 교습과정을 등록·운영할 수 있도록 하고 ③의무적 필수시설로 되어 있는 사무실 및 양호실을 임의적 권장시설로 변경함으로써 학원의 시설기준을 완화하였으며 ④대학졸업자의 경우 전공과 관계없이 학원강사가 될 수 있도록 하는 등 학원강사의 자격기준을 완화하는 한편, ⑤학습자의 권익을 보호하기 위하여 학원이 교습을 계속할 수 없는 경우 또는 학습자가 수강 등을 계속할 수 없는 경우에 수강료의 일정액을 반환받을 수 있도록 하였다.
그리고, 동법률시행규칙을 개정(1999. 6.15)하여 ①학원설립·운영자 등록신청시 제출서류 및 비치서류를 간소화시켜 민원사무의 처리기간을 단축하여 민원인의 행정편의를 도모할 수 있도록 시·도교육청 소관 조례 등의 개정을 촉구하였다.
이에 따라 부산광역시학원설립·운영에관한조례(2000. 1. 1) 및 규칙(2000. 6. 10)을 개정하여 ①학원과 교육환경유해업소와의 거리제한 범위 완화 ②학원 및 교습소의 교습시간과 부제교습횟수 폐지 ③실험실습 또는 실기 등이 필요한 학원의 과정별 반당 정원기준 변경(실습실 면적→제곱미터당 수용인원) ④학원의 시설설비 기준의 일부 신설 및 변경 ⑥실습장의 설치가능 장소를 부산광역시내에서 인접지역까지 완화 ⑦건물을 임차하는 경우 임차기간 제한 규정삭제 ⑧학원시설을 활용한 평생교육관련 규정중 평생교육법의 적용대상 규정을 삭제하였다.
정부의 규제완화 조치로 학원의 자율성이 크게 신장되면서 학원의 설립 및 폐업이 한결 수월해지고 이에 따른 민원도 급증하게 되었다. 서점조합은 학원에서 수강생들에게 편의제공을 명분으로 하는 교재판매에 대하여 문제를 제기하였고, 이로 인하여 부산광역시학원설립·운영및과외교습에관한규칙에 학원내에서의 교재판매 등 상거래행위에 대한 벌점조항을 신설하는 내용으로 동 규칙을 개정하였다. 또한 교육부 2001년 국정감사결과 법규위반학원에 대한 시·도별 과태료부과기준이 각시도별로 달라 형평성이 결여되어 있으므로 형평성에 맞게 개선하도록 시달되어 규칙을 개정(2001. 4.13)하였다.
2000. 4.27일, 헌법재판소에서는 과외교습을 원칙적으로 금지하고 있는 학원관련법 조항 및 그 위반행위에 대한 처벌조항이 위헌이라고 결정함에 따라 관련조문을 정리하고 전면적으로 허용된 개인 과외교습의 투명성을 높여 과외교습으로 인한 사회적 폐해를 최소화할 수 있도록 개인 과외교습에 대하여 신고제도를 도입하기 위해서 학원관련법령의 제명을 학원설립·운영및과외교습에관한법률 등으로 개정(2001. 4. 7, 시행일 2001. 7. 8)하여 개인과외교습자의 신고내용 및 절차를 규정하였고 부산광역시학원설립·운영및과외교습에관한조례(2002. 1. 1)와 동 규칙(2001. 8. 8, 2002. 2.16)을 개정하여 개인 과외교습에 대한 구체적인 지도감독 근거를 마련하였으며, 또한 '86아시아경기대회, '88올림픽에 대비하여 학원교육의 내실화를 통한 교통질서 확립과 자동차 운전기술의 특수성을 감안하여 1984. 4월, 사설강습소에관한법률 개정 및 1985. 3월, 동법시행령 개정에 의하여 위탁기간을 별도로 규정하지 않고 경찰청에 위탁하였던 자동차운전학원에 관한 관계규정이 도로교통법에 포함되고 학원법에서는 삭제됨에 따라 부산광역시학원설립·운영및과외교습에관한조례에도 자동차운전학원관련 조항을 삭제(2002. 1. 1)하였다.
학교불신, 사교육비의 증가, 학교폭력, 교원사기저하 및 불만고조 등으로 인해 공교육의 부실화가 초래되어 2002. 3.18일, 교육인적자원부의 공교육내실화 대책이 발표되었으며, 학부모들의 사교육비의 부담을 덜어주기 위한 학교교육의 실현을 위하여 학원에서의 심야교습행위, 불법·위법·탈법 행위에 대한 지도 점검을 보다 철저히 하고, 투명한 학원운영 및 세원탈루 방지를 위하여 수강료의 온라인 입금제를 권장하도록 추진하고 있다. 그러나 학원에서의 선행학습행위는 학부모들의 교육에 대한 지대한 관심으로 수그러들지 않고 있으며, 온라인 입금제의 실시는 법령에 근거하고 있는 것이 아니라 관계공무원의 지도, 권장에 의존하므로써 빠른 확대 실시보다는 학원연합회의 자율활동으로 카드기 설치 등 온라인 입금제가 확대되고 점차적으로 학원의 자율화에 의한 제도적 정착이 이루어지고 있다.
또한, 교육인적자원부에서는 기술계 학원 수강생의 경제적 부담을 완화하고 대학 미진학 청소년 등을 산업인력 공급원으로 유인하여 인적자원 배분의 효율성 도모하기 위해서 2002.11. 1일부터 기술계학원 장기과정 수강자들에게 수강료 융자 사업을 시행하고 있다.